我们对动脉粥样硬化遗传学基础了解的深入来自人群的全基因组关联分析（genome-wide association studies，GWAS）和针对极端表型个体的研究。GWAS时的遗传效应通常较小，需要较大样本量才能检出一个明显的遗传信号。不过，累积起来的话，有时候较小效应可以相加，产生一个中等甚至较大的效应。在具有极端表型的患者，遗传信号更明显，更容易被检出。例如，对于处在某一定量性状正态分布曲线两端的患者进行基因组差异分析已经帮助我们确定了中间表型的遗传决定因素，例如血浆脂蛋白。有时这一方法被称作“反义突变聚集”方法。不过，单基因遗传病的研究能够揭示基因组生物学的新方面。例如，家族性高胆固醇血症通常是由于编码低密度脂蛋白受体的低密度脂蛋白受体（LDLR）基因突变所致。但是，即使在考虑其他遗传因素，例如载脂蛋白B、人类枯草溶菌素转化酶9基因（PCSK9）和常染色体隐性遗传性高胆固醇血症（ARH）之后，仍有三分之一的家族性高胆固醇血症患者全外显子测序未发现突变。采用一种观察拷贝数变异（copy number variation，CNV）的特定方法，在余下的三分之一患者中额外发现存在LDLR突变，拷贝数变异从~500个到>15，000个碱基不等。其他有助于我们进一步了解动脉粥样硬化风险的疾病包括家族性高甘油三酯血症、糖尿病和高血压。将表现型和基因型系统地联系起来是表型组学这一新兴学科的主要目标。表型组学也有助于确定复杂疾病。详细评估单基因遗传病表现型和基因型的相关性同样可能产生新假说，在分子水平和细胞水平的研究中进一步验证，另外可能发现潜在的新型干预手段，有助于治疗疾病不同表现的患者。